Multicolinealidad y selección de predictoras
# - https://interactions.jacob-long.com/
# - https://marginaleffects.com/
# - https://strengejacke.github.io/ggeffects/
library(tidyverse)
library(ggpubr)
library(qqplotr)
library(janitor)
library(corrplot)
library(corrr)
library(DataExplorer)
library(tidymodels)
library(car)# Nombres de variables
nombres <- c(
"depto",
"mpio",
"cultivo",
"estado",
"tiempo_estab",
"topografia",
"drenaje",
"riego",
"fertilizantes",
"fecha_analisis",
"ph_agua_suelo",
"materia_org",
"fosforo",
"azufre",
"acidez",
"aluminio",
"calcio",
"magnesio",
"potasio",
"sodio",
"cice",
"conductividad",
"hierro_olsen",
"cobre",
"manganeso",
"zinc",
"boro",
"hierro_doble",
"cobre_doble",
"manganeso_doble",
"zinc_doble"
)
suelos <-
read_csv("datos/Resultados_de_An_lisis_de_Laboratorio_Suelos_en_Colombia.csv",
na = "ND") |>
select(-c(numfila, Secuencial)) |>
set_names(nombres) |>
mutate(
across(c(depto, mpio), str_to_title),
across(
c(cultivo, estado, tiempo_estab, topografia, drenaje, riego),
str_to_sentence
),
across(
c(
fosforo,
calcio,
magnesio,
potasio,
sodio,
hierro_olsen,
cobre,
manganeso,
zinc,
cobre_doble,
manganeso_doble,
zinc_doble
),
~ str_replace_all(
string = .,
pattern = ",",
replacement = "."
)
),
across(
c(
fosforo,
calcio,
magnesio,
potasio,
sodio,
hierro_olsen,
cobre,
manganeso,
zinc,
cobre_doble,
manganeso_doble,
zinc_doble
),
~ str_replace_all(
string = .,
pattern = "<",
replacement = ""
)
),
across(
c(
fosforo,
calcio,
magnesio,
potasio,
sodio,
hierro_olsen,
cobre,
manganeso,
zinc,
cobre_doble,
manganeso_doble,
zinc_doble
),
as.numeric
)
) |>
select(-c(
fecha_analisis,
hierro_doble,
cobre_doble,
manganeso_doble,
zinc_doble
))
suelos |> head()conteo_cultivos <-
suelos |>
count(cultivo, sort = TRUE)
conteo_cultivosplot_missing(suelos)
suelos_cacao <-
suelos |>
filter(cultivo == "Cacao") |>
select(-c(aluminio, acidez)) |>
filter(ph_agua_suelo <= 10) |>
filter(topografia != "Error: #n/a") |>
filter(drenaje != "Error: #n/a") |>
mutate(drenaje = str_replace_all(drenaje, "Mal drenaje", "Malo"),
drenaje = str_replace_all(drenaje, "Regular drenaje", "Regular"),
drenaje = str_replace_all(drenaje, "Buen drenaje", "Bueno")) |>
select(-c(mpio, cultivo, fertilizantes, tiempo_estab)) |>
na.omit()
suelos_cacao |> head()suelos_cacao %>%
select(where(is.numeric)) %>%
cor(method = "spearman", use = "pairwise.complete.obs") %>%
corrplot(
type = "upper",
diag = FALSE,
method = "pie",
tl.srt = 45,
tl.cex = 0.7,
tl.col = "black",
order = "hclust"
)
suelos_cacao %>%
select(where(is.numeric)) %>%
correlate() %>%
network_plot()
suelos_cacao |>
select(where(is.numeric)) |>
pivot_longer(cols = -zinc) |>
ggplot(aes(x = value, y = zinc)) +
facet_wrap(~name, scales = "free") +
geom_point(color = "gray") +
scale_x_log10() +
scale_y_log10() +
geom_smooth(method = "lm", se = FALSE)
suelos_cacao |>
select(where(is.numeric)) |>
pivot_longer(cols = -zinc) |>
ggplot(aes(x = value, y = zinc)) +
facet_wrap(~name, scales = "free") +
geom_point(color = "gray") +
scale_x_log10() +
scale_y_log10() +
geom_smooth(method = "lm",
se = FALSE,
formula = y ~ poly(x, degree = 2))
suelos_cacao |>
select(where(is.numeric)) |>
pivot_longer(cols = -zinc) |>
ggplot(aes(x = value, y = zinc)) +
facet_wrap(~name, scales = "free") +
geom_point(color = "gray") +
scale_x_log10() +
scale_y_log10() +
geom_smooth(method = "lm",
se = FALSE,
formula = y ~ poly(x, degree = 3))
modelo1 <- lm(zinc ~ ., data = suelos_cacao)
modelo1 |> summary()
Call:
lm(formula = zinc ~ ., data = suelos_cacao)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-41.473 -2.107 -0.431 0.736 180.799
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -4.3872797 2.0975182 -2.092 0.036516 *
deptoArauca 2.0403860 1.1805912 1.728 0.083996 .
deptoAtlántico -0.4433084 8.9343316 -0.050 0.960428
deptoBogotá, D.c. 1.0932110 8.9368701 0.122 0.902645
deptoBolívar 0.1345318 1.0835696 0.124 0.901196
deptoBoyacá 4.1949603 0.8326925 5.038 4.86e-07 ***
deptoCaldas 0.3782744 1.9786157 0.191 0.848391
deptoCaquetá 1.0928408 0.7740672 1.412 0.158061
deptoCasanare 1.8462750 1.1911870 1.550 0.121213
deptoCauca 1.8864663 0.8068391 2.338 0.019418 *
deptoCesar 0.0084254 0.7590194 0.011 0.991144
deptoChocó -1.1737269 6.3262418 -0.186 0.852818
deptoCórdoba -1.3053247 0.6287212 -2.076 0.037926 *
deptoCundinamarca 5.0837665 0.5625535 9.037 < 2e-16 ***
deptoGuaviare 0.6564724 3.2615597 0.201 0.840491
deptoHuila -0.3459463 0.8846283 -0.391 0.695765
deptoLa Guajira 1.3638403 1.7150342 0.795 0.426517
deptoMagdalena -0.3264035 2.0179614 -0.162 0.871509
deptoMeta 0.6423965 0.7292960 0.881 0.378441
deptoNariño 0.6580003 0.6761845 0.973 0.330543
deptoNorte De Santander 0.4988807 1.3328632 0.374 0.708201
deptoPutumayo 1.6524836 0.7959532 2.076 0.037931 *
deptoRisaralda 1.9509137 8.9301640 0.218 0.827076
deptoSantander 2.2172971 0.6297508 3.521 0.000434 ***
deptoSucre 0.0763590 4.4902901 0.017 0.986433
deptoTolima 1.0684794 1.1555682 0.925 0.355197
deptoValle Del Cauca -1.2317134 0.6200574 -1.986 0.047033 *
estadoNo indica 1.6185187 0.7542141 2.146 0.031920 *
estadoPor establecer 1.0360039 0.3013256 3.438 0.000590 ***
topografiaModeradamente ondulado 0.9488325 1.0567726 0.898 0.369301
topografiaNo indica 0.3383807 1.4122171 0.240 0.810642
topografiaOndulado -0.0916470 1.0389345 -0.088 0.929711
topografiaOndulado y pendiente 5.4827601 6.4164577 0.854 0.392875
topografiaPendiente 0.2742358 1.0454372 0.262 0.793087
topografiaPendiente fuerte -0.3712276 9.0680038 -0.041 0.967347
topografiaPendiente leve -0.5309403 3.5376297 -0.150 0.880704
topografiaPendiente moderada 0.9238678 1.0639023 0.868 0.385227
topografiaPlano 0.1958867 1.0260141 0.191 0.848595
topografiaPlano y ondulado -0.8347692 6.4081052 -0.130 0.896359
drenajeMalo -0.7018072 1.1715184 -0.599 0.549159
drenajeNo indica -0.7405206 0.4014953 -1.844 0.065178 .
drenajeRegular -0.5751791 0.4049798 -1.420 0.155588
riegoAspersión y goteo 15.7676715 3.3418718 4.718 2.44e-06 ***
riegoGoteo 0.5973821 1.5090416 0.396 0.692218
riegoGravedad 0.4337615 1.1494031 0.377 0.705906
riegoManguera 0.5397311 2.9367527 0.184 0.854189
riegoNo cuenta con riego 1.3819105 0.7290907 1.895 0.058094 .
riegoNo indica 1.0447604 0.7448994 1.403 0.160807
ph_agua_suelo 0.3935882 0.2858188 1.377 0.168552
materia_org 0.1645417 0.0529389 3.108 0.001892 **
fosforo 0.0106616 0.0027092 3.935 8.41e-05 ***
azufre -0.0054096 0.0129869 -0.417 0.677027
calcio 0.5797045 0.0843487 6.873 7.00e-12 ***
magnesio -0.0187141 0.1106124 -0.169 0.865656
potasio 0.9364761 0.6325100 1.481 0.138779
sodio -0.4081059 0.7120399 -0.573 0.566567
cice -0.3729181 0.0769566 -4.846 1.30e-06 ***
conductividad 0.7545272 0.4713721 1.601 0.109501
hierro_olsen 0.0018501 0.0005978 3.095 0.001979 **
cobre 0.4023611 0.0409947 9.815 < 2e-16 ***
manganeso 0.0312002 0.0135487 2.303 0.021327 *
boro 1.0106937 1.0465859 0.966 0.334235
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
Residual standard error: 8.912 on 5442 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.1484, Adjusted R-squared: 0.1388
F-statistic: 15.55 on 61 and 5442 DF, p-value: < 2.2e-16modelo1 |> vif() GVIF Df GVIF^(1/(2*Df))
depto 116.047249 26 1.095732
estado 1.814655 2 1.160643
topografia 3.575605 10 1.065780
drenaje 3.016685 3 1.202048
riego 5.379916 6 1.150530
ph_agua_suelo 4.303445 1 2.074475
materia_org 1.520769 1 1.233194
fosforo 1.260945 1 1.122918
azufre 1.603595 1 1.266331
calcio 23.162394 1 4.812732
magnesio 4.825746 1 2.196758
potasio 1.585505 1 1.259168
sodio 1.156245 1 1.075289
cice 25.866525 1 5.085914
conductividad 2.199930 1 1.483216
hierro_olsen 1.959840 1 1.399943
cobre 1.183366 1 1.087826
manganeso 1.173536 1 1.083299
boro 1.343685 1 1.159174modelo2 <- lm(zinc ~ ., data = suelos_cacao |> select(-c(calcio, cice)))
modelo2 |> summary()
Call:
lm(formula = zinc ~ ., data = select(suelos_cacao, -c(calcio,
cice)))
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-32.955 -2.150 -0.470 0.785 185.746
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -1.239e+01 1.856e+00 -6.676 2.69e-11 ***
deptoArauca 2.025e+00 1.186e+00 1.707 0.087851 .
deptoAtlántico -5.386e-01 8.985e+00 -0.060 0.952205
deptoBogotá, D.c. 6.977e-01 8.988e+00 0.078 0.938130
deptoBolívar -2.619e-01 1.087e+00 -0.241 0.809606
deptoBoyacá 4.372e+00 8.343e-01 5.240 1.67e-07 ***
deptoCaldas 9.155e-02 1.986e+00 0.046 0.963228
deptoCaquetá 7.385e-01 7.734e-01 0.955 0.339715
deptoCasanare 1.619e+00 1.198e+00 1.352 0.176567
deptoCauca 1.454e+00 8.074e-01 1.801 0.071781 .
deptoCesar -3.943e-01 7.601e-01 -0.519 0.603989
deptoChocó -9.942e-01 6.362e+00 -0.156 0.875825
deptoCórdoba -1.365e+00 6.310e-01 -2.163 0.030599 *
deptoCundinamarca 5.036e+00 5.633e-01 8.940 < 2e-16 ***
deptoGuaviare 3.491e-01 3.280e+00 0.106 0.915231
deptoHuila -3.223e-01 8.896e-01 -0.362 0.717107
deptoLa Guajira 1.062e+00 1.724e+00 0.616 0.537759
deptoMagdalena -7.206e-01 2.027e+00 -0.355 0.722288
deptoMeta 4.239e-01 7.330e-01 0.578 0.563057
deptoNariño 3.948e-01 6.786e-01 0.582 0.560750
deptoNorte De Santander 5.536e-01 1.340e+00 0.413 0.679613
deptoPutumayo 1.189e+00 7.982e-01 1.489 0.136457
deptoRisaralda 2.055e+00 8.981e+00 0.229 0.818988
deptoSantander 2.425e+00 6.303e-01 3.847 0.000121 ***
deptoSucre -7.756e-02 4.516e+00 -0.017 0.986296
deptoTolima 1.803e-01 1.155e+00 0.156 0.875986
deptoValle Del Cauca -1.594e+00 6.183e-01 -2.578 0.009973 **
estadoNo indica 1.460e+00 7.579e-01 1.927 0.054051 .
estadoPor establecer 9.827e-01 3.027e-01 3.247 0.001174 **
topografiaModeradamente ondulado 1.124e+00 1.062e+00 1.058 0.290167
topografiaNo indica 5.678e-01 1.420e+00 0.400 0.689257
topografiaOndulado 1.471e-01 1.044e+00 0.141 0.888008
topografiaOndulado y pendiente 3.829e+00 6.446e+00 0.594 0.552484
topografiaPendiente 4.365e-01 1.051e+00 0.415 0.677966
topografiaPendiente fuerte -6.155e-01 9.119e+00 -0.067 0.946192
topografiaPendiente leve -2.622e-01 3.556e+00 -0.074 0.941237
topografiaPendiente moderada 1.158e+00 1.069e+00 1.083 0.278947
topografiaPlano 3.975e-01 1.032e+00 0.385 0.699989
topografiaPlano y ondulado -6.723e-01 6.445e+00 -0.104 0.916920
drenajeMalo -7.728e-01 1.178e+00 -0.656 0.511860
drenajeNo indica -6.400e-01 4.035e-01 -1.586 0.112763
drenajeRegular -5.056e-01 4.070e-01 -1.242 0.214183
riegoAspersión y goteo 1.632e+01 3.358e+00 4.860 1.21e-06 ***
riegoGoteo 9.636e-01 1.517e+00 0.635 0.525325
riegoGravedad -2.318e-01 1.153e+00 -0.201 0.840638
riegoManguera 4.833e-01 2.954e+00 0.164 0.870019
riegoNo cuenta con riego 1.747e+00 7.317e-01 2.387 0.017016 *
riegoNo indica 1.584e+00 7.457e-01 2.124 0.033698 *
ph_agua_suelo 1.812e+00 2.254e-01 8.038 1.11e-15 ***
materia_org 1.928e-01 5.304e-02 3.634 0.000281 ***
fosforo 1.068e-02 2.721e-03 3.925 8.77e-05 ***
azufre -1.640e-03 1.304e-02 -0.126 0.899938
magnesio -2.319e-01 7.408e-02 -3.130 0.001755 **
potasio 6.176e-01 6.304e-01 0.980 0.327287
sodio -1.235e+00 7.074e-01 -1.745 0.081014 .
conductividad 1.859e+00 4.451e-01 4.176 3.02e-05 ***
hierro_olsen 1.215e-03 5.743e-04 2.115 0.034486 *
cobre 4.008e-01 4.123e-02 9.722 < 2e-16 ***
manganeso 2.718e-02 1.361e-02 1.997 0.045846 *
boro 8.355e-01 1.052e+00 0.794 0.427272
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
Residual standard error: 8.963 on 5444 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.1383, Adjusted R-squared: 0.129
F-statistic: 14.81 on 59 and 5444 DF, p-value: < 2.2e-16modelo2 |> vif() GVIF Df GVIF^(1/(2*Df))
depto 100.190989 26 1.092641
estado 1.808363 2 1.159635
topografia 3.541918 10 1.065275
drenaje 3.008924 3 1.201532
riego 5.217932 6 1.147603
ph_agua_suelo 2.645686 1 1.626556
materia_org 1.509528 1 1.228628
fosforo 1.257637 1 1.121444
azufre 1.599294 1 1.264632
magnesio 2.140211 1 1.462946
potasio 1.557137 1 1.247853
sodio 1.128271 1 1.062201
conductividad 1.939500 1 1.392659
hierro_olsen 1.787929 1 1.337135
cobre 1.183327 1 1.087808
manganeso 1.170169 1 1.081744
boro 1.343041 1 1.158897modelo_forward <- modelo2 |> stats::step(direction = "forward")Start: AIC=24200.91
zinc ~ depto + estado + topografia + drenaje + riego + ph_agua_suelo +
materia_org + fosforo + azufre + magnesio + potasio + sodio +
conductividad + hierro_olsen + cobre + manganeso + boromodelo_forward
Call:
lm(formula = zinc ~ depto + estado + topografia + drenaje + riego +
ph_agua_suelo + materia_org + fosforo + azufre + magnesio +
potasio + sodio + conductividad + hierro_olsen + cobre +
manganeso + boro, data = select(suelos_cacao, -c(calcio,
cice)))
Coefficients:
(Intercept) deptoArauca
-12.392175 2.024986
deptoAtlántico deptoBogotá, D.c.
-0.538593 0.697669
deptoBolívar deptoBoyacá
-0.261904 4.371597
deptoCaldas deptoCaquetá
0.091551 0.738488
deptoCasanare deptoCauca
1.618724 1.454020
deptoCesar deptoChocó
-0.394269 -0.994212
deptoCórdoba deptoCundinamarca
-1.364727 5.035725
deptoGuaviare deptoHuila
0.349119 -0.322339
deptoLa Guajira deptoMagdalena
1.062226 -0.720605
deptoMeta deptoNariño
0.423902 0.394763
deptoNorte De Santander deptoPutumayo
0.553617 1.188808
deptoRisaralda deptoSantander
2.055375 2.424580
deptoSucre deptoTolima
-0.077564 0.180257
deptoValle Del Cauca estadoNo indica
-1.593834 1.460437
estadoPor establecer topografiaModeradamente ondulado
0.982673 1.123835
topografiaNo indica topografiaOndulado
0.567793 0.147082
topografiaOndulado y pendiente topografiaPendiente
3.829224 0.436477
topografiaPendiente fuerte topografiaPendiente leve
-0.615501 -0.262154
topografiaPendiente moderada topografiaPlano
1.157607 0.397523
topografiaPlano y ondulado drenajeMalo
-0.672310 -0.772808
drenajeNo indica drenajeRegular
-0.639955 -0.505638
riegoAspersión y goteo riegoGoteo
16.319683 0.963583
riegoGravedad riegoManguera
-0.231848 0.483325
riegoNo cuenta con riego riegoNo indica
1.746554 1.584099
ph_agua_suelo materia_org
1.811656 0.192774
fosforo azufre
0.010681 -0.001640
magnesio potasio
-0.231909 0.617606
sodio conductividad
-1.234526 1.858634
hierro_olsen cobre
0.001214 0.400821
manganeso boro
0.027176 0.835472 modelo_backward <- modelo2 |> stats::step(direction = "backward")Start: AIC=24200.91
zinc ~ depto + estado + topografia + drenaje + riego + ph_agua_suelo +
materia_org + fosforo + azufre + magnesio + potasio + sodio +
conductividad + hierro_olsen + cobre + manganeso + boro
Df Sum of Sq RSS AIC
- topografia 10 540.8 437850 24188
- drenaje 3 261.8 437571 24198
- azufre 1 1.3 437311 24199
- boro 1 50.6 437360 24200
- potasio 1 77.1 437386 24200
<none> 437309 24201
- sodio 1 244.6 437554 24202
- manganeso 1 320.4 437630 24203
- hierro_olsen 1 359.3 437669 24203
- magnesio 1 787.1 438096 24209
- estado 2 977.7 438287 24209
- materia_org 1 1060.9 438370 24212
- fosforo 1 1237.7 438547 24215
- conductividad 1 1400.5 438710 24217
- riego 6 2322.2 439632 24218
- ph_agua_suelo 1 5189.9 442499 24264
- cobre 1 7592.3 444902 24294
- depto 26 15672.5 452982 24343
Step: AIC=24187.71
zinc ~ depto + estado + drenaje + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + azufre + magnesio + potasio + sodio + conductividad +
hierro_olsen + cobre + manganeso + boro
Df Sum of Sq RSS AIC
- drenaje 3 262.3 438112 24185
- azufre 1 3.5 437854 24186
- boro 1 45.6 437896 24186
- potasio 1 114.5 437965 24187
<none> 437850 24188
- sodio 1 254.5 438105 24189
- manganeso 1 320.6 438171 24190
- hierro_olsen 1 345.3 438195 24190
- magnesio 1 726.7 438577 24195
- materia_org 1 930.9 438781 24197
- estado 2 1169.2 439019 24198
- fosforo 1 1171.6 439022 24200
- conductividad 1 1481.0 439331 24204
- riego 6 2485.4 440335 24207
- ph_agua_suelo 1 5120.1 442970 24250
- cobre 1 7553.9 445404 24280
- depto 26 16062.0 453912 24334
Step: AIC=24185.01
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + azufre + magnesio + potasio + sodio + conductividad +
hierro_olsen + cobre + manganeso + boro
Df Sum of Sq RSS AIC
- azufre 1 1.8 438114 24183
- boro 1 39.8 438152 24184
- potasio 1 111.1 438223 24184
<none> 438112 24185
- sodio 1 255.5 438368 24186
- manganeso 1 324.2 438437 24187
- hierro_olsen 1 354.7 438467 24188
- magnesio 1 812.7 438925 24193
- materia_org 1 972.9 439085 24195
- estado 2 1174.6 439287 24196
- fosforo 1 1249.2 439362 24199
- conductividad 1 1407.5 439520 24201
- riego 6 2679.4 440792 24207
- ph_agua_suelo 1 5006.1 443118 24246
- cobre 1 7532.9 445645 24277
- depto 26 18756.4 456869 24364
Step: AIC=24183.03
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + magnesio + potasio + sodio + conductividad + hierro_olsen +
cobre + manganeso + boro
Df Sum of Sq RSS AIC
- boro 1 39.7 438154 24182
- potasio 1 112.8 438227 24182
<none> 438114 24183
- sodio 1 254.6 438369 24184
- manganeso 1 327.0 438441 24185
- hierro_olsen 1 355.1 438469 24186
- magnesio 1 811.9 438926 24191
- materia_org 1 978.9 439093 24193
- estado 2 1177.5 439292 24194
- fosforo 1 1251.6 439366 24197
- riego 6 2679.6 440794 24205
- conductividad 1 1944.7 440059 24205
- ph_agua_suelo 1 5022.4 443137 24244
- cobre 1 7545.0 445659 24275
- depto 26 18776.3 456890 24362
Step: AIC=24181.53
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + magnesio + potasio + sodio + conductividad + hierro_olsen +
cobre + manganeso
Df Sum of Sq RSS AIC
- potasio 1 134.1 438288 24181
<none> 438154 24182
- sodio 1 253.0 438407 24183
- manganeso 1 315.6 438470 24184
- hierro_olsen 1 377.9 438532 24184
- magnesio 1 799.4 438953 24190
- materia_org 1 996.8 439151 24192
- estado 2 1195.3 439349 24193
- fosforo 1 1296.6 439451 24196
- riego 6 2730.0 440884 24204
- conductividad 1 2018.1 440172 24205
- ph_agua_suelo 1 5208.3 443362 24245
- cobre 1 7549.5 445703 24274
- depto 26 19403.6 457558 24368
Step: AIC=24181.22
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + magnesio + sodio + conductividad + hierro_olsen +
cobre + manganeso
Df Sum of Sq RSS AIC
<none> 438288 24181
- sodio 1 229.0 438517 24182
- manganeso 1 324.8 438613 24183
- hierro_olsen 1 405.4 438693 24184
- magnesio 1 678.1 438966 24188
- estado 2 1196.0 439484 24192
- materia_org 1 1093.4 439381 24193
- fosforo 1 1614.7 439903 24200
- riego 6 2713.4 441001 24203
- conductividad 1 2394.7 440683 24209
- ph_agua_suelo 1 5358.4 443646 24246
- cobre 1 7497.4 445785 24273
- depto 26 19359.3 457647 24367modelo_backward
Call:
lm(formula = zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo +
materia_org + fosforo + magnesio + sodio + conductividad +
hierro_olsen + cobre + manganeso, data = select(suelos_cacao,
-c(calcio, cice)))
Coefficients:
(Intercept) deptoArauca deptoAtlántico
-12.177523 2.159994 -0.888568
deptoBogotá, D.c. deptoBolívar deptoBoyacá
0.459921 -0.175340 4.433103
deptoCaldas deptoCaquetá deptoCasanare
0.327810 0.370465 1.408612
deptoCauca deptoCesar deptoChocó
1.334995 -0.295737 -1.146652
deptoCórdoba deptoCundinamarca deptoGuaviare
-1.126493 5.242553 -0.013290
deptoHuila deptoLa Guajira deptoMagdalena
-0.221229 0.782076 -0.583986
deptoMeta deptoNariño deptoNorte De Santander
0.513338 0.195564 0.744785
deptoPutumayo deptoRisaralda deptoSantander
1.164261 1.974895 2.480274
deptoSucre deptoTolima deptoValle Del Cauca
-0.021342 0.338824 -1.578942
estadoNo indica estadoPor establecer riegoAspersión y goteo
1.772721 1.034770 17.195827
riegoGoteo riegoGravedad riegoManguera
1.130674 -0.144701 0.580898
riegoNo cuenta con riego riegoNo indica ph_agua_suelo
1.902647 1.638671 1.804709
materia_org fosforo magnesio
0.192437 0.011728 -0.201723
sodio conductividad hierro_olsen
-1.189279 1.950349 0.001279
cobre manganeso
0.395472 0.027225 modelo_stepwise <- modelo2 |> stats::step(direction = "both")Start: AIC=24200.91
zinc ~ depto + estado + topografia + drenaje + riego + ph_agua_suelo +
materia_org + fosforo + azufre + magnesio + potasio + sodio +
conductividad + hierro_olsen + cobre + manganeso + boro
Df Sum of Sq RSS AIC
- topografia 10 540.8 437850 24188
- drenaje 3 261.8 437571 24198
- azufre 1 1.3 437311 24199
- boro 1 50.6 437360 24200
- potasio 1 77.1 437386 24200
<none> 437309 24201
- sodio 1 244.6 437554 24202
- manganeso 1 320.4 437630 24203
- hierro_olsen 1 359.3 437669 24203
- magnesio 1 787.1 438096 24209
- estado 2 977.7 438287 24209
- materia_org 1 1060.9 438370 24212
- fosforo 1 1237.7 438547 24215
- conductividad 1 1400.5 438710 24217
- riego 6 2322.2 439632 24218
- ph_agua_suelo 1 5189.9 442499 24264
- cobre 1 7592.3 444902 24294
- depto 26 15672.5 452982 24343
Step: AIC=24187.71
zinc ~ depto + estado + drenaje + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + azufre + magnesio + potasio + sodio + conductividad +
hierro_olsen + cobre + manganeso + boro
Df Sum of Sq RSS AIC
- drenaje 3 262.3 438112 24185
- azufre 1 3.5 437854 24186
- boro 1 45.6 437896 24186
- potasio 1 114.5 437965 24187
<none> 437850 24188
- sodio 1 254.5 438105 24189
- manganeso 1 320.6 438171 24190
- hierro_olsen 1 345.3 438195 24190
- magnesio 1 726.7 438577 24195
- materia_org 1 930.9 438781 24197
- estado 2 1169.2 439019 24198
- fosforo 1 1171.6 439022 24200
+ topografia 10 540.8 437309 24201
- conductividad 1 1481.0 439331 24204
- riego 6 2485.4 440335 24207
- ph_agua_suelo 1 5120.1 442970 24250
- cobre 1 7553.9 445404 24280
- depto 26 16062.0 453912 24334
Step: AIC=24185.01
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + azufre + magnesio + potasio + sodio + conductividad +
hierro_olsen + cobre + manganeso + boro
Df Sum of Sq RSS AIC
- azufre 1 1.8 438114 24183
- boro 1 39.8 438152 24184
- potasio 1 111.1 438223 24184
<none> 438112 24185
- sodio 1 255.5 438368 24186
- manganeso 1 324.2 438437 24187
- hierro_olsen 1 354.7 438467 24188
+ drenaje 3 262.3 437850 24188
- magnesio 1 812.7 438925 24193
- materia_org 1 972.9 439085 24195
- estado 2 1174.6 439287 24196
+ topografia 10 541.2 437571 24198
- fosforo 1 1249.2 439362 24199
- conductividad 1 1407.5 439520 24201
- riego 6 2679.4 440792 24207
- ph_agua_suelo 1 5006.1 443118 24246
- cobre 1 7532.9 445645 24277
- depto 26 18756.4 456869 24364
Step: AIC=24183.03
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + magnesio + potasio + sodio + conductividad + hierro_olsen +
cobre + manganeso + boro
Df Sum of Sq RSS AIC
- boro 1 39.7 438154 24182
- potasio 1 112.8 438227 24182
<none> 438114 24183
- sodio 1 254.6 438369 24184
+ azufre 1 1.8 438112 24185
- manganeso 1 327.0 438441 24185
- hierro_olsen 1 355.1 438469 24186
+ drenaje 3 260.6 437854 24186
- magnesio 1 811.9 438926 24191
- materia_org 1 978.9 439093 24193
- estado 2 1177.5 439292 24194
+ topografia 10 542.6 437572 24196
- fosforo 1 1251.6 439366 24197
- riego 6 2679.6 440794 24205
- conductividad 1 1944.7 440059 24205
- ph_agua_suelo 1 5022.4 443137 24244
- cobre 1 7545.0 445659 24275
- depto 26 18776.3 456890 24362
Step: AIC=24181.53
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + magnesio + potasio + sodio + conductividad + hierro_olsen +
cobre + manganeso
Df Sum of Sq RSS AIC
- potasio 1 134.1 438288 24181
<none> 438154 24182
- sodio 1 253.0 438407 24183
+ boro 1 39.7 438114 24183
- manganeso 1 315.6 438470 24184
+ azufre 1 1.7 438152 24184
- hierro_olsen 1 377.9 438532 24184
+ drenaje 3 254.9 437899 24184
- magnesio 1 799.4 438953 24190
- materia_org 1 996.8 439151 24192
- estado 2 1195.3 439349 24193
+ topografia 10 536.6 437617 24195
- fosforo 1 1296.6 439451 24196
- riego 6 2730.0 440884 24204
- conductividad 1 2018.1 440172 24205
- ph_agua_suelo 1 5208.3 443362 24245
- cobre 1 7549.5 445703 24274
- depto 26 19403.6 457558 24368
Step: AIC=24181.22
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo + materia_org +
fosforo + magnesio + sodio + conductividad + hierro_olsen +
cobre + manganeso
Df Sum of Sq RSS AIC
<none> 438288 24181
+ potasio 1 134.1 438154 24182
- sodio 1 229.0 438517 24182
+ boro 1 61.1 438227 24182
+ azufre 1 3.5 438285 24183
- manganeso 1 324.8 438613 24183
+ drenaje 3 248.8 438039 24184
- hierro_olsen 1 405.4 438693 24184
- magnesio 1 678.1 438966 24188
- estado 2 1196.0 439484 24192
- materia_org 1 1093.4 439381 24193
+ topografia 10 578.7 437709 24194
- fosforo 1 1614.7 439903 24200
- riego 6 2713.4 441001 24203
- conductividad 1 2394.7 440683 24209
- ph_agua_suelo 1 5358.4 443646 24246
- cobre 1 7497.4 445785 24273
- depto 26 19359.3 457647 24367modelo_stepwise
Call:
lm(formula = zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo +
materia_org + fosforo + magnesio + sodio + conductividad +
hierro_olsen + cobre + manganeso, data = select(suelos_cacao,
-c(calcio, cice)))
Coefficients:
(Intercept) deptoArauca deptoAtlántico
-12.177523 2.159994 -0.888568
deptoBogotá, D.c. deptoBolívar deptoBoyacá
0.459921 -0.175340 4.433103
deptoCaldas deptoCaquetá deptoCasanare
0.327810 0.370465 1.408612
deptoCauca deptoCesar deptoChocó
1.334995 -0.295737 -1.146652
deptoCórdoba deptoCundinamarca deptoGuaviare
-1.126493 5.242553 -0.013290
deptoHuila deptoLa Guajira deptoMagdalena
-0.221229 0.782076 -0.583986
deptoMeta deptoNariño deptoNorte De Santander
0.513338 0.195564 0.744785
deptoPutumayo deptoRisaralda deptoSantander
1.164261 1.974895 2.480274
deptoSucre deptoTolima deptoValle Del Cauca
-0.021342 0.338824 -1.578942
estadoNo indica estadoPor establecer riegoAspersión y goteo
1.772721 1.034770 17.195827
riegoGoteo riegoGravedad riegoManguera
1.130674 -0.144701 0.580898
riegoNo cuenta con riego riegoNo indica ph_agua_suelo
1.902647 1.638671 1.804709
materia_org fosforo magnesio
0.192437 0.011728 -0.201723
sodio conductividad hierro_olsen
-1.189279 1.950349 0.001279
cobre manganeso
0.395472 0.027225 AIC(modelo_backward, modelo_forward, modelo_stepwise)modelo_stepwise |>
summary()
Call:
lm(formula = zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo +
materia_org + fosforo + magnesio + sodio + conductividad +
hierro_olsen + cobre + manganeso, data = select(suelos_cacao,
-c(calcio, cice)))
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-33.290 -2.063 -0.452 0.714 186.722
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -1.218e+01 1.521e+00 -8.005 1.45e-15 ***
deptoArauca 2.160e+00 1.140e+00 1.895 0.058111 .
deptoAtlántico -8.886e-01 8.972e+00 -0.099 0.921112
deptoBogotá, D.c. 4.599e-01 8.974e+00 0.051 0.959127
deptoBolívar -1.753e-01 1.062e+00 -0.165 0.868898
deptoBoyacá 4.433e+00 8.161e-01 5.432 5.81e-08 ***
deptoCaldas 3.278e-01 1.960e+00 0.167 0.867163
deptoCaquetá 3.705e-01 7.334e-01 0.505 0.613483
deptoCasanare 1.409e+00 1.152e+00 1.223 0.221457
deptoCauca 1.335e+00 7.521e-01 1.775 0.075958 .
deptoCesar -2.957e-01 7.311e-01 -0.405 0.685854
deptoChocó -1.147e+00 6.352e+00 -0.181 0.856746
deptoCórdoba -1.126e+00 5.822e-01 -1.935 0.053038 .
deptoCundinamarca 5.243e+00 5.313e-01 9.867 < 2e-16 ***
deptoGuaviare -1.329e-02 3.197e+00 -0.004 0.996683
deptoHuila -2.212e-01 8.575e-01 -0.258 0.796422
deptoLa Guajira 7.821e-01 1.692e+00 0.462 0.643876
deptoMagdalena -5.840e-01 2.012e+00 -0.290 0.771617
deptoMeta 5.133e-01 6.967e-01 0.737 0.461280
deptoNariño 1.956e-01 6.432e-01 0.304 0.761084
deptoNorte De Santander 7.448e-01 1.319e+00 0.565 0.572226
deptoPutumayo 1.164e+00 7.478e-01 1.557 0.119560
deptoRisaralda 1.975e+00 8.971e+00 0.220 0.825766
deptoSantander 2.480e+00 6.157e-01 4.028 5.69e-05 ***
deptoSucre -2.134e-02 4.499e+00 -0.005 0.996215
deptoTolima 3.388e-01 1.126e+00 0.301 0.763522
deptoValle Del Cauca -1.579e+00 5.535e-01 -2.853 0.004349 **
estadoNo indica 1.773e+00 7.331e-01 2.418 0.015637 *
estadoPor establecer 1.035e+00 2.996e-01 3.454 0.000556 ***
riegoAspersión y goteo 1.720e+01 3.310e+00 5.195 2.12e-07 ***
riegoGoteo 1.131e+00 1.489e+00 0.759 0.447699
riegoGravedad -1.447e-01 1.122e+00 -0.129 0.897391
riegoManguera 5.809e-01 2.931e+00 0.198 0.842894
riegoNo cuenta con riego 1.903e+00 7.094e-01 2.682 0.007341 **
riegoNo indica 1.639e+00 7.328e-01 2.236 0.025373 *
ph_agua_suelo 1.805e+00 2.209e-01 8.170 3.79e-16 ***
materia_org 1.924e-01 5.214e-02 3.691 0.000226 ***
fosforo 1.173e-02 2.615e-03 4.485 7.44e-06 ***
magnesio -2.017e-01 6.941e-02 -2.906 0.003671 **
sodio -1.189e+00 7.042e-01 -1.689 0.091301 .
conductividad 1.950e+00 3.571e-01 5.462 4.92e-08 ***
hierro_olsen 1.279e-03 5.691e-04 2.247 0.024656 *
cobre 3.955e-01 4.092e-02 9.664 < 2e-16 ***
manganeso 2.723e-02 1.353e-02 2.012 0.044313 *
---
Signif. codes: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
Residual standard error: 8.959 on 5460 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.1364, Adjusted R-squared: 0.1296
F-statistic: 20.05 on 43 and 5460 DF, p-value: < 2.2e-16mod_nolineal1 <- lm(
zinc ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo +
materia_org + poly(fosforo, degree = 2) + poly(magnesio, degree = 2) +
poly(sodio, degree = 2) + conductividad + hierro_olsen + cobre + manganeso,
data = suelos_cacao
)
mod_nolineal2 <- lm(
log1p(zinc) ~ depto + estado + riego + ph_agua_suelo +
materia_org + poly(fosforo, degree = 2) + poly(magnesio, degree = 2) +
poly(sodio, degree = 2) + conductividad + hierro_olsen + cobre + manganeso,
data = suelos_cacao
)
AIC(modelo_stepwise, mod_nolineal1, mod_nolineal2)library(ggeffects)
mod_nolineal2 |>
ggpredict(terms = "depto") |>
plot() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))
mod_nolineal2 |>
ggpredict(terms = "estado") |>
plot()
mod_nolineal2 |>
ggpredict(terms = "riego") |>
plot() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))
mod_nolineal2 |>
ggpredict(terms = "ph_agua_suelo") |>
plot()
mod_nolineal2 |>
ggpredict(terms = c("ph_agua_suelo", "estado")) |>
plot()
mod_nolineal2 |>
ggpredict(terms = c("magnesio")) |>
plot() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))
mod_nolineal2 |>
ggpredict(terms = c("magnesio", "estado")) |>
plot() +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))